Właściwości asymetrycznych systemów kryptograficznych otwierają przed nimi szeroki zakres możliwości. Metody asymetryczne znajdują obecnie zastosowanie np. w szyfrowaniu korespondencji elektronicznej, a także w protokołach kryptograficznych takich jak SSL/TLS. Dużą popularnością cieszy się m.in. protokół HTTPS, który umożliwia bezpieczne komunikowanie się przeglądarki internetowej z serwerem. Ponadto metod asymetrycznych używa się często do cyfrowego podpisywania transakcji lub dokumentów.